Desde 2018, una de las metas estratégicas del MEN ha sido la mejora del Índice de Desempeño Institucional (IDI) a través de las políticas de gestión del Modelo Integrado de Planeación y Gestión (MIPG), cuyo avance se mide anualmente desde el Departamento Administrativo de la Función Pública (DAFP).

Durante tres vigencias consecutivas el MEN ha obtenido el mayor puntaje entre todos los Ministerios en la medición del IDI y en el año 2020 alcanzó el primer lugar entre todas las entidades del orden nacional, con un resultado de 99,8 puntos sobre 100. En conjunto con las entidades adscritas y vinculadas, el sector educación pasó de 87,4 a 93,3 puntos, ocupando por primera vez el puesto número uno entre los 24 sectores medidos, como se presenta a continuación.